南京土壤研究所成立于1953年，其前身為1930年創(chuàng)立的中央地質(zhì)調(diào)查所土壤研究室。南京土壤研究所現(xiàn)有土壤與農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、土壤養(yǎng)分管理國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室、農(nóng)田土壤污染防控與修復(fù)技術(shù)國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室、中科院土壤環(huán)境與污染修復(fù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、農(nóng)業(yè)部耕地保育綜合性重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室等重要研究平臺(tái)；設(shè)有土壤資源與信息、土壤地力與保育、土壤環(huán)境與修復(fù)、植物營(yíng)養(yǎng)與肥料、土壤生物與生態(tài)等5個(gè)研究部以及土壤資源與遙感應(yīng)用、土壤－植物營(yíng)養(yǎng)與肥料、土壤化學(xué)與環(huán)境保護(hù)、土壤物理與鹽漬土、土壤生物與生化、土壤與環(huán)境生物修復(fù)、土壤利用與環(huán)境變化等研究單元；還擁有土壤科學(xué)數(shù)據(jù)中心（中國(guó)生態(tài)系統(tǒng)研究網(wǎng)絡(luò)土壤分中心）、河南封丘農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、江西鷹潭農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、江蘇常熟農(nóng)田生態(tài)系統(tǒng)國(guó)家野外科學(xué)觀測(cè)研究站、中國(guó)科學(xué)院三峽工程生態(tài)環(huán)境湖北秭歸實(shí)驗(yàn)站。