中國科學院昆明植物研究所前身是靜生生物調查所和云南省教育廳于1938年7月合作成立的云南農林植物研究所。1950年4月轉屬中國科學院，更名為中國科學院植物分類研究所昆明工作站。1953年3月更名為中國科學院植物研究所昆明工作站。1959年4月，經國家科委批準，正式成立中國科學院昆明植物研究所。研究所將植物分類與生物地理、植物化學與天然產物研發、野生種質資源保藏與利用、民族植物學與區域發展、資源植物研發與產業化這五個方面為重點研究領域。研究所建有昆明和麗江兩個園區，其中昆明占地面積1018畝。研究系統設置“三室一庫”，即植物化學與西部植物資源持續利用國家重點實驗室、中國科學院東亞植物多樣性與生物地理學重點實驗室、資源植物與生物技術重點實驗室、中國西南野生生物種質資源庫。植物標本館（KUN）館藏標本150余萬份，是全國第二大植物標本館。種質資源庫已累計采集保存種子總量達10,285種，82,746份，種數超過中國種子植物總數的1/3。現有控股企業1家，參股企業4家：其中云南云投生態環境科技股份有限公司為深圳證券交易所上市企業，云南西力生物技術股份有限公司為新三板掛牌企業。