中心成立于2004年9月，是隸屬市衛生健康委的正處級全額事業單位，承擔全市疾病預防控制、公共衛生監測、健康教育及預防醫學科研、教學培訓等工作，是全市疾病預防控制和衛生檢測檢驗工作的指導中心。中心是濟寧醫學院、山東醫科大學、山東醫學高等專科學校的社會實踐教學基地。中心辦公區位于北城新區北京路3號，東臨沂河，西鄰市政府行政辦公中心，中心辦公區建筑面積12800平方米，其中，實驗室5000平方米，擁有萬元以上大型檢驗監測設備392臺（其中10萬元以上158臺、50萬元以上48臺），建有各類專業實驗室25個。中心按照“內強素質，外樹形象，團結進取，爭創一流”的總體要求，建立了一支政治思想過硬、業務素質良好的專業技術隊伍。中心現有在職職工155人，本科以上學歷146人，其中碩士研究生50人，博士研究生7人，副主任醫師以上職稱44人，設有7個管理科室和16個業務科室，建立有較完善的質量控制體系，設有質量控制科、病毒檢驗科、細菌檢驗科、理化檢驗科，檢驗專業技術人員27人，現已通過實驗室認可和計量認證，已開展衛生檢測檢驗項目148類、1332項。