中心成立于2002年1月11日，由四川省衛生防疫站、省勞動衛生職業病防治研究所、省寄生蟲病防治研究所、省地方病防治研究所和省結核病防治所合并組建，是主要從事疾病預防控制與公共衛生技術管理和服務的省級公益一類事業單位。同時掛有“四川省預防醫學科學院”的牌子。依法承擔疾病預防控制、突發公共衛生事件應急處置、疫情報告及健康相關因素信息管理、健康危害因素監測與干預、實驗室檢測分析與評價、健康教育與健康促進、技術管理與應用研究指導等公共職能。中心設有9個職能處室和16個專業部門。現有建筑面積4.5萬㎡，擁有超高液相-四級桿-飛行時間串聯質譜儀、高效液相色譜-串聯四級桿質譜、全自動DNA分析儀、流式細胞儀、超高效液相色譜三重四級桿串聯質譜儀、氣-質-質儀、全自動實時熒光定量PCR檢測系統等1564套（件）儀器設備。中心為”三級甲等“疾控中心。現有技術服務資質10項，其中國家級5項，省級5項；24類1117項檢驗檢測項目通過認證認可，開展A類檢驗項目355項，開展率達96.21%。中心建有血吸蟲病流行病學、包蟲病流行病學及防治、現場流行病學、結核病流行病學4個省醫學重點學科；艾滋病確認實驗室、病原微生物分子生物學實驗室 2個省醫學重點實驗室。與四川國際旅行保健中心共建有“口岸疫病疫情監測四川省重點實驗室”，在建“中毒理化檢測實驗室”省醫學重點實驗室。中心是中國疾病預防控制中心現場流行病學、全國艾滋病防治區域培訓兩個國家級培訓基地。中心建有四川省現場流行病學培訓項目，也是國家疾控機構公共衛生醫師規范化培訓試點單位，每年面向全省各級疾控中心招收學員。中心先后獲得國家相關部委、省委省政府及其他相關機構組織的多項表彰。