肛管位于大腸的末段，上界為齒線，下界為肛緣，長3～4cm。男性肛管前面緊貼尿道和前列腺，女性則為子宮和陰道;后面為尾骨，周圍有內、外括約肌圍繞。肛管癌真正病因尚未明了，但有研究表明它是多因素作用下多基因失控所致，以往注意到長期慢性刺激如肛瘺、濕疣和免疫性疾患(如Crohn病)與肛管癌發生有關。近年來發現人乳頭狀病毒(HPV)與它有密切關系，特別是HPV-16，50%～80%的肛管癌細胞中有HPV-16。
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